Louhipuro. © Risto Sauso

Jonkerinsalon luonnonsuojelualueen ydin on jylhänkaunis, lähes kilometrin pituinen pohjois-eteläsuuntainen rotkolaakso, Hiidenportti. Alueen läpi virtaava Louhipuro levenee pystysuorien kallioseinämien keskellä joeksi ja jatkaa kulkuaan kohti etelää. 

Jonkerinsalon Hiidenportin läheisyydessä sijaitsee vanhojen metsien suojelualueita. Kun suojeluohjelma saa lain voiman, laajenee koko suojelualueen pinta-ala 3639 hehtaariin. 

uonnonsuojelualueelle ovat luonteenomaisia metsäiset vaarat, karut rämeet ja paikoin lehtomaiset kuusikkokorvet. Jonkerinsalon maisemia elävöittävät lukuisat purot, joet ja lammet sekä pienimuotoiset suot.

Suolalammesta laskevaan koskeen on aikoinaan uittoa varten rakennettu tammi eli pato. Koskea on myös perattu uittojen aikaan. Alueen eteläosassa virtaa Suolajoki, joka pikkukoskien ja suvantojensa kautta laskee Jonkerinsalon itäosaa sivuavaan Jongunjokeen. Sekin on vanha uittoväylä, muttu nykyisin Jongunjoki on suosittu melontareitti.  

Sekä Jongunjoen että Suolajoen rannoilla voi nähdä majavien asumisen jälkiä. Lisäksi alueella liikkuvat kaikki suurpetomme. Eläimistöön kuuluvat myös mm. hanhet ja metsäkanalinnut.