Vaisakon alueella Varsinais-Suomessa yhdistyvät jyrkkäreunaiset mäet, rehevät lehdot ja vanhat niityt. Keskiosan niitylle on istutettu rauduskoivua, ja länsiosan mäkien laelta löytyy karua kalliometsää. Rinteillä kasvavat pähkinäpensaat, tammet, metsälehmukset ja vaahterat, joista metsälehmus on yleisin. Rantojen lehdoissa vallitsevat tervaleppä ja tuomi. Vaisakossa kasvavat saarnet ovat istutettuja. Alueen vanhat, kookkaat ja osin jo lahonneet jalopuut tarjoavat elinympäristön monille harvinaisille sienille, selkärangattomille ja kolopesijöille.

Pensaskerroksessa kasvaa runsaasti taikinamarjaa ja lehtokuusamaa. Keväällä alue puhkeaa kukkaan kevätesikoiden, sinivuokkojen ja muiden varhaiskevään kasvien myötä. Kesällä kukkivat mm. valkolehdokki ja haisukurjenpolvi. Myrkyllisiä marjoja tuottavat sudenmarja, lehtokielo ja mustakonnanmarja. Itiökasveja edustavat maassa suikertava katinlieko, näyttävä kotkansiipi, hiirenporras sekä metsä- ja lehtokorte.

Vaisakosta löytyy useita kääpiä ja kääväkkäitä, jotka ovat vanhojen metsien indikaattorilajeja. Näitä ovat esimerkiksi pohjanrypykkä, rusokääpä ja silmälläpidettävä lamokääpä. Uhanalaisia sammalia ja sieniä ovat esimerkiksi kallioraoissa ja onkaloissa kasvavat luutasammal, koloviuhkasammal ja ketjusammal. Seinämien ravinteisimmilla paikoilla kasvavat mm. taljaruoste- ja isoruostesammal.