Auttiköngäs on perustettu vuonna 1955 aarnialueeksi ja myöhemmin alueesta on muodostettu luonnonhoitometsä. Nykyisin Auttiköngäs kuuluu vanhojen metsien suojeluohjelmaan ja Natura-alueverkostoon. Alueen kokonaispinta-ala on 377 ha.

Aluetta halkova Auttijoki virtaa suuressa yhtenäisessä kallioperän halkeamassa, johon kuuluvat myös Auttijärven laakso ja Korouoma. Luonnontilaiset, yli 200-vuotiaat havumetsät peittävät suurinta osaa Auttikönkään alueesta. Moreenialustaisilla vaarojen rinteillä on naavaisia kuusikoita, kun taas jokilaakson hiekkaisilla harjuilla tyypillisin puulaji on mänty. Auttijokirannassa sekä jokeen laskevien purojen varsilla on lehtipuita sekä rehevää ja lehtomaista kasvillisuutta; alueen kasviharvinaisuuksia ovat mm. lapinleinikki ja myrkyllinen punakonnanmarja. Jyrkkäpiirteisten maastojen kalliokasvillisuutta edustavat mm. pahtarikko, karvakiviyrtti ja kallioimarre.

Erämaisen ja vaihtelevan elinympäristön vuoksi alueen eläimistö ja linnusto ovat varsin monipuoliset. Vakituisia eläinasukkaita ovat mm. hirvi ja karhu, ja myös ilveksestä on tehty havaintoja. Salaperäisen saukon yöllisistä retkistä kertovat talvella sulapaikkojen läheisyyteen ilmestyvät mutkittelevat jälkiurat ja liukumäet. Linnuista alueella tavataan mm. virtavesien varsilla ja kalliopahdoilla pesiviä lajeja, kuten koskikaraa. Vanhoja metsien linnuista Auttikönkäällä viihtyvät mm. palokärki ja pohjantikka; alueen erämaisuudesta kertovat taivaalla liitävän maakotkan siluetti tai illansuussa lähimetsissä huhuilevan huuhkajan ääni.