Pinkjärven luonto on monipuolista, mutta huomattava metsätaloudellinen käyttö on jättänyt jälkensä alueen puustoon ja maisemaan. Metsät ovat suurimmaksi osaksi metsänhoidollisesti melko hyvin hoidettuja ja tasaikäisiä, ja lahopuuta on aktiivisesta metsänhoidosta johtuen vähän.

Alueen suot ovat suurimmaksi osaksi olleet metsätalouden käytössä ja niitä on aikanaan ojitettu puuston kasvun lisäämiseksi. Suurin osa turvemaista on korpia, jonkin verran on myös rämesoita, erityisesti soistuvien lampien ympäristössä.

Pinkjärvellä on tehty runsaasti ennallistamistöitä. Näiden toimenpiteiden tavoitteena on luonnontilan parantaminen niin, että alue ennallistamistöiden jälkeen toiminnallisesti vastaa luonnontilaista aluetta. Tehdyt ennallistamistyöt ovat kivennäismailla olleet lahopuun tuotantoa, pienaukotusta ja polttoja.

Ojitettujen alueiden ennallistamista on tehty ojien patoamisella ja tukkimisella. Näin on pyritty palauttamaan luonnostaan kosteiden elinympäristöjen olosuhteita. Ojitusalueiden ennallistamisen yhteydessä on paikoin syntynyt myös huomattavia määriä lahopuuta puiden, erityisesti kuusten, kuoltua vedenpinnan nousun vaikutuksesta.

Hyönteisiä alueella on lajimääräisesti melko vähän. Tämä selittyy yksipuolisella metsärakenteella. Runsain laji on havutikaskuoriainen. Alueella tavataan myös muutamia kuloista riippuvaisia tai harvoin kuloalueiden ulkopuolella esiintyviä hyönteislajeja, mm. kulokauniainen, nuijalatikka, leppäkelokärsäkäs ja sysiantikainen. Alueella tavattu laakakilpukkainen on vaarantunut laji.

Kääpälajeja on runsaasti, joukossa on myös vanhan metsän ilmentäjälajeja, kuten kuusenkääpä ja riukukääpä. Uhanalaisia ikimetsän kääpälajeja ei Pinkjärveltä ole löytynyt. Pinkjärven alueella on poikkeuksellisen runsaasti harvinaisen lakkakäävän esiintymiä.

Pinkjärvellä on lintuseurannan yhteydessä havaittu ennallistamistoimenpiteistä johtuvia lajistollisia ja yksilömääräisiä muutoksia. Ryteikköisiä alueita suosivan peukaloisen kanta on moninkertaistunut, samoin kuin metsälampareita ja kosteikkoja suosiva metsäviklo on runsastunut. Aikaisemmin alueella satunnaisesti pesinyttä pohjantikkaa pesii nyt alueella 2 - 4 paria. Pystyyn kuolleet kuusikot tarjoavat pohjantikalle runsaasti ravintoa. Valtakunnallisesti vaarantuneen pikkutikan arvellaan myös hieman runsastuneen. Lisäksi kololintujen suhteellinen osuus linnustosta on hitaasti kasvamassa.

Pinkjärven alueella esiintyy uhanalaisista kasvilajeista kirkiruoho ja lehtoneidonvaippa. Näiden lajien osalta on käynnissä normaali uhanalaisia kasvilajeja koskeva seurata. Muita merkittäviä kasvilajeja ovat mm. sahalehti, vankkasara ja litteävita.