Lemmenjoella on liikuttu vuosisatoja juuri vesireittejä pitkin. Kansallispuiston ja lähialueiden vesistöt sopivatkin erinomaisesti melontaretkeilyyn. Muddusjärveltä tai Solojärveltä Njukulahteen ja edelleen Kultahaminaan saakka kulkeva melontareitti on helppo tapa aloittaa vesiretkeily Lemmenjoella. Kokeneemmalle melojalle kansallispuistossa virtaavat Vasko-, Kietsimä-, Ivalo- ja Repojoki sekä lukuisat pikkujoet tarjoavat loputtoman määrän reittivaihtoehtoja.