Auttiköngäs inrättades som urskogsområde 1955 och senare har området blivit naturvårdsskog. Numera hör Auttiköngäs till skyddsprogrammet för gamla skogar och Natura-nätverket. Området har en sammanlagd areal på 377 ha.

Älven Auttijoki som går genom området rinner genom en stor sammanhängande klyfta i berggrunden, som även omfattar dalen vid Auttijärvi och Korouoma. De över 200 år gamla barrskogarna i naturtillstånd täcker största delen av Auttiköngäsområdet. På de moränhaltiga skogklädda sluttningarna finns lavbevuxna grandungar, medan tall är det vanligaste trädslaget på de sandiga åsarna i älvdalen. Vid Auttijokis strand och längs bäckarna som mynnar ut i älven finns lövträd samt frodig och lundartad växtlighet; bland de sällsynta växterna i området finns bland annat lappranunkeln och den giftiga röda trolldruvan. Bergsvegetationen i den branta terrängen representeras av bland annat fjällbräcka, hällebräken och stensöta.

Områdets djurliv och fågelbestånd är väldigt mångsidigt på grund av den ödemarksliknande och varierande livsmiljön. Bland de fast bosatta djuren hittar man bland annat älg och björn, och även lodjur har observerats. På vintern vittnar slingrande spår och rutschbanor nära isfria platser om den mystiska utterns nattliga utflykter. Bland fåglarna i området påträffas bland annat arter som häckar vid strömmande vatten och på klipphällar, till exempel strömstare. I de gamla skogarna i Auttiköngäs trivs bland annat spillkråkan och den tretåiga hackspetten; kungsörnens silhuett som rör sig på himlen eller ljudet av berguven som hoar i de närliggande skogarna på kvällskvisten vittnar om områdets ödemarkskaraktär.