Från innerskärgården till ytterskärgården
Bottenhavets nationalpark har hela sex skärgårdsområden som skiljer sig från varandra naturgeografiskt. Ju längre ut mot öppna havet du kommer, desto kargare blir naturen. Nationalparken består huvudsakligen av en kedja av karga skär och öar i ytterskärgården, som sträcker sig smalt och långt från Merikarvia till Kustavi. I ytterskärgårdens gömmor finns klippiga fågelskär, blommande steniga stränder, gamla skärgårdsbaser med traditionella landskap och långsamt utvecklande skogar med kusttallar. Öarna är vanligtvis ganska små och vattnen som omger skärgården är grunda.
Skarvörarna
Skarvörarnas (fi. Oura) skärgård är exceptionellt värdefull både landskapsmässigt och ur biologisk synpunkt. Denna runda ögrupp intill öppna havet består av hundratals öar med få eller inga träd samt mindre skär, kobbar och grynnor. Berggrunden i skärgården består av bergarterna glimmerskiffer och diorit. Området är täckt av ett blockrikt moränlager, varför nästan hela skärgården består av blockmark. I skärgården finns det också klippöar samt skär med klapperstensstränder eller hedartad växtlighet.
Det växer skog på de största öarna i mitten av skärgården. Tidigare användes de mindre öarna för bete, och betesgången har påverkat deras växtlighet. I sänkor på de största öarna finns det också små myrar. Skarvörarnas skärgård med utskär samt havsvikar som småningom mister kontakten med havet utgör ett typiskt område för landhöjningskusten.
Naturen på området påminner på många sätt om skärgården i Kvarken. Stränderna domineras av havtorn, bland vilken det växer havsstrandsarter såsom havssältning och strandglim. På Skarvörarna växer en specialitet för Bottenhavet, nämligen bohusranunkel, samt den mycket sällsynta arten strandloka. Under vattnet bildar havsnajas, borstnate och hårnating ställvis vidsträckta bestånd.
Fågellivet på Skarvörarna är som bäst under flyttningstiden. I strandvattnen rastar då bland annat grågäss, bergänder och svärtor. Ibland häckar till och med en eller annan svärta på området. Med god tur kan man också få se en havsörn där.

Gummandooras och Bogaskärs skärgård
Gummandooras vidsträckta yttre skärgård ingår i Bottenhavets nationalpark och kompletteras av Ahlaistenjokis lilla åmynning. Området är mycket artrikt på grund av zoneringen enligt salthalten. Området har en rik havsfågelfauna, och här kan man få se bland annat storskrakar, småskrakar, fisktärnor, silvertärnor, skräntärnor och skärpiplärkor. Ejdern, som livnär sig på blåmusslor, häckar också på området.
Gummandooras skärgård befinner sig mer eller mindre i naturtillstånd och den är i sin helhet täckt av ett morän- och sandlager. Moränen är blockrik, varför landskapet präglas av blockmarker både på stränderna och högre upp på öarna. Sälgskär och en del av Stora Enskär ingår i nationalparken. Dessa här också till de största skogbevuxna öarna på området.
Ahlaistenjokis lilla åmynning utgör en övergångszon mellan saltfattigt havsvatten och sött vatten. Där dominerar växter som anpassat sig till de exceptionella förhållandena, till exempel arterna uddnate, vattenstäkra och hjulmöja.

Bredviksfjärden
Bredviksfjärden (fi. Preiviikinlahti) är en vidsträckt, rätt grund havsvik med sandbotten. Tidigare betade boskap på dess stränder men numera har stränderna vuxit igen med vass och buskar. Öarna i viken har en intressant flora. Jordmånen består huvudsakligen av sand, och många av öarna präglas av hedväxtlighet med lavar i bottenskiktet och vindpinade rönnar som enda trädslag. På öarnas flacka strandängar växer bl.a. kustarun, dvärgarun, vildlin och knutnarv. På öarna påträffas också en specialitet för Bottniska viken, gultåtel. På de näringsrika driftvallarna av blåstång växer arter som vejde och marviol.
Bredviksfjärden är ett internationellt sett viktigt område med tanke på fågelfaunan. Antalet häckande sjöfågelpar och sjöfågelarter är stort. Typiska sjöfåglar vid viken är bl.a. gravand, årta, stjärtand, bergand och sothöna. Ejdern är den vanligast förekommande arten vid öarna. Vadare som häckar på öarna är bl.a. strandskata, strandpipare, roskarl, rödbena och drillsnäppa. Även den starkt hotade sydliga kärrsnäppan häckar på området.
De tidvis översvämmade sandbankarna i Ytterö (fi. Yyterin lietteet) ligger vid Bredviksfjärdens norra strand och utgör den viktigaste rastplatsen för flyttande vadare i södra Finland. Flyttande vadare som rastar vid viken är bl.a. kärrsnäppa, småsnäppa, spovsnäppa, kustsnäppa, sandlöpare, myrsnäppa, kustpipare, myrspov och smalnäbbad simsnäppa. Även flyttande sjöfåglar söker sig till området, och i slutet av augusti håller i allmänhet tusentals fåglar till vid viken. I slutet av hösten rastar hundratals sångsvanar vid viken.

Luvia skärgård
Luvia skärgård är ett av de mångsidigaste områdena av Satakunda skärgårdsnatur. Området ligger i södra delen av Satakunda sandstensområde, där jordmånen ställvis är frodigare på grund av diabasberggrunden. Områdets södra del täcks av ett ojämnt moränlager, varför stränderna huvudsakligen består av block och stenar. Rundhällar blir vanligare längre norrut. Vinden och isarna gör att de minsta öarna hålls trädlösa och öppna. De största öarna har småningom blivit skogbevuxna i och med landhöjningen.
Fågelfaunan i Luvia skärgård är representativ och typisk för Bottenhavet. Havsörn häckar regelbundet på området, och grågåsbeståndet är stort. Även labben, som rövar näring av andra fåglar, har sin hemvist i parken, liksom också gravanden och berganden.
Skogbevuxna Säbbskär är den största ön på området. Orsaken till att öns natur är så mångsidig ligger delvis i att berggrunden består av diabas. Säbbskärs södra och östra stränder är flacka och på dem kan man tydligt urskilja hur växtligheten förändras gradvis till följd av landhöjningen. Ovanför stenstranden närmast vattenbrynet finns en driftvall av blåstång, som bildar ett frodigt underlag för många växter och små djur. Beroende på fuktförhållandena följer sedan en äng omgiven av vass eller en klibbalslund; ovanför driftvallen på öststranden finns en bred äng, på sydstranden breder däremot en havsstrandslund på blåstångsunderlag ut sig. Under klibbalarna i lunden växer rödblära, hässlebrodd, hallon, och rörflen. I nordvästra delen av ön reser sig två åsformationer ur havet. På stränderna finns det fina rundhällar.
Torrängsväxtligheten kring Säbbskärs fyr avslöjar att ön har varit kulturpåverkad redan länge. På fyrens gård växer exempelvis gulmåra, ängskavle, vårbrodd, gräslök, smultron, backnejlika och luddhavre.
Största delen av ön hör till nationalparken. Den del som inte ingår i nationalparken är ett privat skyddsområde.

Raumo och Euraåminne skärgård
Den smala yttre skärgården utanför Raumo har en starkt maritim prägel. Utskären är trädlösa eller nästan trädlösa, antingen har de inga buskar eller så är de täckta av täta enbusksnår. På stränderna kan det finnas täta havtornssnår och enstaka vindpinade rönnar, björkar och alar. I bergsskrevor i yttre skärgården påträffas den i Satakunda sällsynta arten dansk skörbjuggsört.
Den yttre skärgården är speciellt viktig för havsfåglarna. De ställvis täta enbusksnåren på öarna och de grunda vikarna är skyddade och lugna platser att häcka i. Ejdern är den vanligast förekommande sjöfågeln på området. I fågelfaunan ingår också bl.a. grågås, gravand, bergand, och labb. Grunden, särskilt Kalla, Susikari och Bokreivi, är värdefulla med tanke på fågelfaunan både som häcknings- och rastplatser. Vadare däremot rastar under flyttfärden vid driftvallar på låga stränder.
Efter att nationalparken hade inrättat bifogade frivilligt områden som ägs av Raumo stad med parken. Sådana är exempelvis Kylmäpihlaja fyr och Kuuskajaskari befästning.

Nystads och Sexmilarens skärgårdar
Skärgårdszonerna utanför Nystad och Gustavs är bland de största i Bottenhavet. Skärgården består huvudsakligen av små öar och kobbar. De sydligaste delarna hör till Letala rapakiviområde och norrut finns glimmerskiffrar och dioriter. Det förkommer också ställvis basiska bergarter och kalkstråk.
Kala rundhällar är vanliga längs stränderna, för moräntäcket är tunt och har sorterats eller sköljts bort av havet. Här finns sparsamt med lösa jordarter jämfört med mellersta och norra delarna av nationalparken. Under vattnet finns smala fördjupningar som beror på stora sprickdalar och är omgivna av vidsträckta grunda områden. Vattnets kvalitet är nästan som i naturtillstånd i det här området.
De små holmarna och skären i yttre skärgården erbjuder fåglar fina häckningsplatser samt rastplatser under flyttfärden. Särskilt skären Harmaaletot, Sinneskarit och Santakarit har en mycket värdefull fågelfauna. Här kan men se en majestätisk havsörn sväva i skyn. På området finns det rikligt med ejdrar.
Arter som häckar på området är bl.a. labb och skräntärna samt tordmule, som häckar i kolonier intill öppna havet. Sillgrisslan, som trivs på öppna havet, påträffas ibland på området men arten häckar där mycket sällan.
