Den mångsidiga naturen i Muotkatunturi ödemarksområde erbjuder en livsmiljö för flera fågelarter och dess avlägsna läge garanterar en lugn observationsmiljö. Fågelbeståndet består av arter som trivs på myrar, fjällplatåer, kalfjäll och i barrskogszonen. Många fjällarter har en stark stam i Muotkatunturi. Sådana fåglar är fjällripan, fjällpiparen, myrspoven, fjällabben och snösparven.

De vanligaste fåglarna i ödemarksområdet är lövsångaren, ängspiplärkan och bergfinken. Även lappsparvens, rödvingetrastens och ljungpiparens populationer är stora i området. Arter som är mer sällsynta, men inte hotade arter eller direktivarter, och som observerats i området är alfågel, kärrsnäppa, nordsångare, bändelkorsnäbb och rödstrupig piplärka.
Den bästa tiden för fågelskådning i Muotkatunturi ödemarksområde är på våren, då flyttfåglarna återvänder för att häcka.