Vedenalainen kasvi- ja levälajisto on Selkämerellä runsas ja monipuolinen, vaikkakin toistaiseksi vähän tutkittu ja tunnettu. Rakkolevää esiintyy runsaana koko Selkämeren alueella. Ulkosaarten rannoille se muodostaa laajoja kasvustoja jopa 8 metrin syvyydelle saakka. Rakkolevä on yksi Itämeren vedenalaisen luonnon tärkeimpiä elinympäristöjä muodostavia kasvilajeja. Tiheät rakkoleväpensaikot tarjoavat suojaa kalanpoikasille ja selkärangattomille eläimille sekä toimivat monien kalalajien kutualueina. Rakkolevä on hyvin riippuvainen puhtaista elinoloista, sillä se tarvitsee kirkasta vettä ja auringonvaloa kasvuunsa. Rehevöityminen onkin vähentänyt selvästi sen määrää Saaristomerellä ja Suomenlahdella.

Rakkoleväntupsu (Elachista fucicola) viihtyy ainoastaan rakkolevän (Fucus vesiculosus) pinnalla. Kuva: Heidi Arponen

Selkämerellä esiintyy runsaana toinenkin rakkolevälajimme pikkuhauru, jonka uskotaan kehittyneen jääkauden jälkeen sopeutumalla Pohjanlahden erityisolosuhteisiin. Selkämeri on näiden kahden rakkolevälajin vaihettumisvyöhykettä, sillä kapealehtinen pikkuhauru viihtyy runsaana alueen pohjoisosissa eikä sitä tavata enää Saaristomerellä. Rakkolevä sen sijaan muuttuu harvinaisemmaksi Selkämeren pohjoisosaa kohden eikä se enää menesty vähäsuolaisessa Merenkurkussa.

Kylmäpihlajan kirkkaissa vesissä kasvaa monipuolinen viher-, rusko- ja punalevälajisto. Kuva: Heidi Arponen

Monet punalevät viihtyvät ulkosaariston aallokkoisilla rannoilla, kuten monivuotiset lajit haarukkalevä, liuskapunalevä ja röyhelöpunalevä. Myös kirkkaanpunaista ruusulevää ja nukkamaista samettipunalevää esiintyy Selkämerellä. Suojaisissa, matalissa lahdissa kasvaa näkinpartaisleviä, kuten punanäkinpartaa ja mukulanäkinpartaa. Myös merinäkinruohoa esiintyy paikoin runsaasti. Suojaisempien välisaariston sokkelikoiden tyypillisiä kasveja ovat ahvenvita, ärviät, sätkimet ja karvalehti.