Uudenkaupungin ja Kustavin edustalla saaristovyöhykkeet ovat Selkämeren laajimpia. Saaristo koostuu etupäässä pienistä saarista ja luodoista. Eteläisimmät osat kuuluvat Laitilan rapakivialueeseen ja pohjoispuolella on kiilleliuskeita ja dioriittia. Myös emäksisiä kivilajeja ja kalkkijuonia esiintyy.

Näkymä Kustavista. Kuva: Laura Lehtonen

Rannoilla paljaat silokalliot ovat yleisiä, sillä moreenipeite on ohutta ja meren huuhtomaa. Kansallispuiston keski- ja pohjoisosiin verrattuna irtaimia maalajeja on vähän. Vedenpinnan alla on suurten murroslaaksojen aiheuttamia kapeita syvänteitä, joita ympäröivät laajat matalikkoalueet. Veden laatu on lähes luonnontilainen.

Ulkosaariston pienet saaret ja luodot tarjoavat linnuille niin pesimäalueita kuin muutonaikaisia levähdysalueitakin. Erityisesti Harmaaletot, Sinneskarit ja Santakarit ovat linnustoltaan hyvin arvokkaita. Saariston yllä liitelee majesteetillinen merikotka. Haahkaa on alueella runsaasti.

Kustavin saaristoa. Kuva: Laura Lehtonen

Pesimälajistoon kuuluu myös muun muassa yhdyskunnissa avomeren laidalla pesivä ruokki, merikihu sekä räyskä. Alueella voi tavata myös avomerellä viihtyvän etelänkiislan joskin sen pesiminen siellä on äärimmäisen harvinaista.