Vuoden 1818 pitäjänkokoukselle ehdotettiin Rutakosken syventämistä ja laajentamista eli perkausta, "jotta sen yläpuolella olevat suunnattomat vesimäärät Leivonmäen ja Havumäen kylien alueella laskisivat". Rutajärven kanavan rakentaminen 1853-1859 alensi järven pintaa noin 2 metriä.

Vuoden 1892 kuntakokouksen pöytäkirjasta:

"Päätettiin korkealta kruunulta anoa syvimmässä alamaisuudessa
Rutajärven laskua hätäaputyöksi niin että köyhä kansa saisi
ansio tuloja huonona aikana ja että myönnetyillä valtionvaroilla
jatkettaisiin läpi talven. Jäljellä olevat varat käytettäisiin
ympärillä olevien suurien soitten halkaisemiseen kanavilla."

Järvenpintaa laskettiinkin toistamiseen, jotta viljelysten tulvavahingoilta säästyttäisiin. Vuosina 1890-1894 suoritetun kanavan perkauksen jälkeen järven pinta oli kaikkiaan laskenut noin 4 metriä.

Järvenlasku synnytti lähes 200 saarta

Suurin osa Rutajärven lähes kahdestasadasta saaresta ja luodosta on syntynyt järven laskujen yhteydessä. Järven rantoja kiertävä kivikkovyö on muisto ajoilta, jolloin järven aallot loiskivat muutaman metrin nykyistä ylempänä. Vanha rantaviiva on selvästi nähtävillä myös kansallispuiston polkujen varrella.

Järvimalmin nostoa ja tukinuittoa

Vesijättömaille kivistä ladottuja neliönmallisia rajapyykkejä näkee kansallispuiston rannassa kulkevien polkujen varsilla tänäkin päivänä. Rutajärvestä on myös ruopattu järvimalmia ruukille vietäväksi. Runsaasti rautaa sisältävää järvimalmia saostuu aikojen kuluessa pintavesistä järvien pohjille.

Vesistöjen merkitys oli suuri: talojen, kylien ja lammashakoina toimineiden saarten välillä liikennöitiin veneillä. Suvisunnuntaisin kylänväki sonnustautui pyhävaatteisiin ja astui jykeviin kirkkoveneisiin päästäkseen palvelusta kuulemaan.

Päijänteen ohella Rutajärvellä on kulkenut tärkeitä talviteitä. Kulkuväylien jokatalvinen viitoittaminen oli turvallisuussyistä välttämätöntä. Viitoitettavat osuudet jaettiin eri taloille.

Laajat vesistöt ja yhteys Päijänteeseen loivat mahdollisuudet myös tukinuittoon, joka jatkui Rutajärvellä aina vuoteen 1946 asti.