Rehevien jokilaaksojen kasvillisuus on paikoin rehevää ja lehtomaista: siellä vihannoivat muun muassa lapinorvokki, lehtovirmajuuri ja siperiansinivalvatti sekä hapro, jota esiintyy jokirantojen kivikoissa. Saamelaiset ovat käyttäneet haproa lisäämään poronmaidon säilyvyyttä sekä talviravinnon C-vitamiinipitoisuutta. Koivut vallitsevat tuntureissa: missä tunturikoivut eivät enää kasva, suikertaa vaivaiskoivu varpumaisena ylhäällä paljakallakin. Jyrkkien tunturirinteiden pienilmasto mahdollistaa sekä arktisten että eteläisten lajien esiintymisen: mätäsrikko ja ketokeltto kasvavat pahdalla rintarinnan. Palsasoilla kasvavat tyypillisesti pohjanvariksenmarja, vaivaiskoivu, suopursu ja hilla. Harvinaisen ja rauhoitetun pensaskanervan ainoat esiintymät Suomessa löytyvät Kaldoaivin erämaasta.

Suomen pohjoisin luonnontilainen männikkö kasvaa Pulmankijoen laaksossa. Männyn pohjoisraja kulkee erämaan eteläosassa. Kaldoaiville ominainen suotyyppi on palsasuo. Palsasuon turvekummuilla on jääsydämet, jotka eivät sula kesälläkään.