Louhipuro. © Risto SausoJonkerinsalon luonnonsuojelualueen ydin on jylhänkaunis, lähes kilometrin pituinen pohjois-eteläsuuntainen rotkolaakso, Hiidenportti. Luonnonsuojelualue on pitkänomainen ja repaleinen, mutta yhtenäinen osa on juuri rotkolaakson ympärillä. Alueen läpi virtaava Louhipuro levenee pystysuorien kallioseinämien keskellä joeksi ja jatkaa kulkuaan kohti etelää.
Jonkerinsalon Hiidenportin läheisyydessä sijaitsee vanhojen metsien suojelualueita. Kun suojeluohjelma saa lain voiman, laajenee koko suojelualueen pinta-ala 3639 hehtaariin. Luonnonsuojelualueelle ovat luonteenomaisia metsäiset vaarat, karut rämeet ja paikoin lehtomaiset kuusikkokorvet. Jonkerinsalon maisemia elävöittävät lukuisat purot, joet ja lammet sekä pienimuotoiset suot.

Suolalammesta laskevaan koskeen on aikoinaan uittoa varten rakennettu tammi eli pato ja lisäksi koskea on perattu. Alueen eteläosassa virtaa Suolajoki, joka pikkukoskien ja suvantojensa kautta laskee Jongunjokeen, joka on myös vanha uittoväylä. Jonkerinsalon itäosa sivuaa Jongunjokea. Nykyisin Jongunjoki on suosittu melontareitti.  

Sekä Jongunjoen että Suolajoen rannoilla voi nähdä majavien asumisen jälkiä. Lisäksi alueella liikkuvat kaikki suurpetomme. Eläimistöön kuuluvat myös mm. hanhet ja metsäkanalinnut.